一、企業職工繳納的大額醫療保險是否免征個人所得稅？
根據《財政部國家稅務總局關于基本養老保險基本醫療保險失業保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知》規定，企事業單位按照國家或省（自治區、直轄市）人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，免征個人所得稅。大額醫療保險不屬于此范疇，應合并進入當月所得計算繳納個人所得稅。
二、企業職工繳納大額醫療保險
根據目前的普遍做法，各地社會保險基金管理中心并不負責大額醫療基金的管理，通常作法是企業委托商業性保險公司代為管理或由企業自行管理。如果企業將大額醫療保險委托商業性保險公司管理，則應當在保險公司落到被保險人的保險賬戶時代扣代繳個人所得稅。
企業自行管理模式比較有代表性的是北京市的大額醫療保險費?！侗本┦谢踞t療保險規定》規定：企業大額醫療保險費在本企業職工工資總額4%以內的部分，列入成本，準予稅前扣除。
大額醫療保險費用于支付職工和退休人員在定點醫療機構和定點零售藥店發生的費用：包括個人賬戶不足支付的醫療費用，基本醫療保險統籌基金支付之余應由個人支付的醫療費用，大額醫療費用互助資金支付之余應由個人支付的醫療費用。
《北京市企業大額醫療保險暫行辦法》規定：大額醫療保險由企業管理。企業大額醫療保險費當年結余部分，結轉下一年度使用。由于企業計提大額醫療保險時并沒有落入個人賬戶，而且以后每位職工報銷的醫療費用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個人所得稅。