補充養老、醫療保險的性質有著特別之處，其在財稅處理方面也有特殊性。
補充養老保險、醫療保險是在基本養老保險、醫療保險基礎上，政府以政策指導和政策優惠為導向，用工單位和員工共同出資，以資金積累和運作增值為主要特征，以提高出資單位員工的養老待遇為主要特點的社會保險的重要組成部分。基于補充養老保險的以上特點，因此其是否繳納、繳納比例都比較靈活，可由單位根據自身效益決定，根據不同的比例要求報有關部門備案或者批準即可。
制度銜接
《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》中規定，企業為投資者或者職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規定的范圍和標準內，準予扣除。進而《關于補充養老保險費補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》(財稅[2009]27號)規定，自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除;超過的部分，不予扣除。
新政策與原規定《國家稅務總局關于執行〈企業會計制度〉需要明確的有關所得稅問題的通知》(國稅發[2003]45號)的不同主要有兩點：一是支付的對象不同，老政策規定支付補充養老保險費和補充醫療保險費的對象是全體雇員，新政策規定的對象為投資者或者職工;二是規定支付標準的權限主體不同，老政策規定按國務院或省級人民政府規定的比例或標準，新政策規定為按國務院財政、稅務主管部門規定的范圍和標準，將省級人民政府規定的權限廢除，避免全國各地執行標準不一致，改按由國務院財政、稅務主管部門統一規定的范圍和標準執行。
財稅[2009]27號的發布日期和執行起始日不同，要求從2008年1月1日起執行，而該文件的發文日期是6月2日，已過匯算清繳期，納稅人無法在匯算清繳時執行，只能在匯算清繳期過后再按規定重新計算2008年度稅款。根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十二條規定，因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金，因此，應該可以理解為不要加收滯納金。如果納稅人因財稅[2009]27號文件規定而涉及多繳稅款的，納稅人可以按規定向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息;如果納稅人因財稅[2009]27號文件規定而涉及補稅的，稅務機關可以要求納稅人補繳稅款，但不得加收滯納金。
計稅基數
補充養老保險、醫療保險以職工工資總額為基數。工資、薪金總額，是指企業按照《國家稅務總局關于企業工資、薪金及職工福利費扣除問題的通知》(國稅函[2009]3號)第一條規定實際發放的工資、薪金總和，不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費以及養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。屬于國有性質的企業，其工資、薪金，不得超過政府有關部門給予的限定數額;超過部分，不得計入企業工資、薪金總額，也不得在計算企業應納稅所得額時扣除。
第一條規定，所謂合理工資、薪金，是指企業按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資、薪金制度規定，實際發放給員工的工資、薪金。因此，財稅[2009]27號文件中的工資總額，應該等同于國稅函[2009]3號文件中的工資、薪金總額，其計算口徑應該和計算職工福利費支出、職工教育經費支出、工會經費支出所用的工資、薪金總額一樣，都是按企業實際發放的工資、薪金總額。《國家稅務總局關于〈中華人民共和國企業所得稅年度納稅申報表〉的補充通知》(國稅函[2008]1081號)的“附表三《納稅調整項目明細表》填報說明”規定，“工資薪金支出”：第1列“賬載金額”，納稅人按照國家統一會計制度計入成本費用的職工工資、獎金、津貼和補貼填報。第2列“稅收金額”，納稅人按照稅收規定允許稅前扣除的工資、薪金填報。
計稅扣除
企業只為少數職工支付補充養老保險費、補充醫療保險費，是否在計算應納稅所得額時準予扣除?
根據《財政部、國家稅務總局關于補充養老保險費補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》(財稅[2009]27號)規定：“自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除;超過的部分，不予扣除。”根據上述規定，“本企業任職或者受雇的全體員工”支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過“職工工資總額”5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除。如果不是全體員工都參加補充保險，那么就不能使用職工工資總額作為扣除基數。
個稅征收
依據《中華人民共和國個人所得稅法》及財稅字[1997]144號文件規定：“企業和個人按照國家或地方政府規定的比例提取并向指定金融機構實際繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老保險金不計入個人當月的工資、薪金收入，免征個人所得稅。超過國家或地方政府規定的比例繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老金，應將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計征個人所得稅。”國稅函[1999]615號批復中也明確：“對職工取得的補充養老保險金應全部計入發放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。”即根據現行的《個人所得稅法》規定，基本養老保險醫療保險可在稅前扣除，但是單位為您繳納的補充養老保險和補充醫療保險必須在稅后扣除。